21世纪(jì )初(chū )，人类(lèi )将多数(⛓)人留(⏰)在被(bèi )哥斯拉蹂(róu )躏的地球(qiú )上(🕙)，仅使被选中的(de )人们乘(chéng )上恒(héng )(🧟)星间移(yí )民船·阿(ā )(👣)拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ(➡)星(xīng )e”。但(dàn )这一计划(🃏)失(🌪)败(bài )(💅)，人类只得(dé )再(zài )度返回地(dì )球。而长距离亚(🔍)空间航行所(🔤)引发的(📸)时(shí )空歪曲，导致人类回到的(de )地方变(biàn )成了“两万年后的地(dì )球”。在(zài )这个(🚽)地球，主人公·晴(🎦)男等人在遭(🐂)受(👚)哥斯拉袭(xí )击的同时，与埃(āi )克西弗、比尔沙(🏸)尔德两种族(🧥)的异星人共(🔬)同实(🔍)行谋(💕)划(huá )了20年的“对(duì )哥斯拉战(zhàn )(✒)术”，通(tōng )过(🛌)殊死战斗成功击倒了哥斯(sī )拉。
　　但喜悦并未持续多久(👂)，深藏地下(xià )的(🚰)真正哥斯拉(lā )“哥(🎦)斯(sī )拉·地球”现(🌔)身了(💱)。两(liǎng )万(⚡)年间(😓)持续成长(zhǎng )生存、身高(🏌)300米(🕝)、质量超过(😀)10万吨，在(❔)进化成(🥏)这种姿(zī )态(tài )的超巨(jù )大哥斯拉压(yā )倒性的破(😇)坏力面前(🐩)，晴(qíng )(😜)男等人(rén )落(luò )花流水。
　　拯救了晴男(nán )(🐢)的是被(🚱)视为人类的残存者(zhě )“弗图(👺)亚”之民，米亚(yà )(🕤)娜。弗(fú )图(🛹)亚(yà )是(shì )他们(men )在这(🈶)个(🧀)地球首次遇到的人型(xíng )生(shēng )命(mìng )种族。他们会(huì )(⚡)是人(👓)类的子(👷)孙吗(ma )—(👯)—(📚)。“弗图亚的神也(yě )被哥(🛵)斯拉击破，如今只剩下卵。挑(🖐)战者、抗争者，全部被火(huǒ )(🔄)焰(🥇)吞噬而(ér )消失了”面对这样的他们，晴男(🍙)回应道(💝)“这是以(🍯)人类(lèi )的双手夺(📈)回(💳)地球的(⛲)最(zuì )后机会了”。
　　(♿)另一方面，比尔沙尔德的指(zhǐ )挥官·加尔格，注(zhù )意到弗图亚使(🏍)用的(de )箭头(👀)是由(yóu )“自律思(🏢)考金(📖)属体·纳米(mǐ )(😩)金(jīn )(⭕)属”所制(✒)造而(ér )欢喜。这和21世纪(🏁)他们在富士山麓(🈸)作(zuò )为(wéi )“对哥斯拉决战兵器”所开发、(🤤)在(zài )启动前(qián )遭(zāo )到破坏的“机(🎟)械哥(gē )斯拉”由同(tóng )种物质所构成。这正是(shì )当时的开发设备(⏱)至今(😂)仍(🏅)然残存(🎻)的证(🗄)明——。